时空。而小美的母亲貌似也是同样的消失方法。举目无亲的小美拿走了秀力博士的徒弟带回来的遗物，从遗迹中取得的象征木板，悲伤的心灵呼唤了未知图腾们的到来，为了实现小美想要重新拥有父母的愿望，这才引发了这次剧场版的一系列事件。

而此时，随着光苔的靠近，原本正在结晶塔最上层赶走了一批“不速之客”的炎帝，忽然觉得一阵头疼。

那来自怪异的古代吼声愈发暴躁，就像是某种不散的阴魂。

“爸爸，你怎么了？”原本坐在床铺上，和小智的母亲花子待在一起的小美，看到从塔顶上跑回来的炎帝露出痛苦的表情，顿时露出担忧的神色，而炎帝连忙摇摇头：“没事，爸爸只是突然有些头疼，现在已经好了。”

“上面也没有任何事情，这里只有你和我们。”

小美疑惑的歪了歪头，又看向身边的“花子”，目光转向眼前的电视机：“妈妈，我们家被电视台拍下来了耶，好漂亮呦。”

面对这个失去父母的女孩，双目无神被神通力控制的花子只是默默点头，但是很快，电视机上出现了那记者的转播画面，里面拍摄到了一个背着皮卡丘的少年正在攀爬结晶塔的外壁，顺着不会结晶化的水流喷泉逆流而上。

小智三人组的突入让炎帝感到一阵烦躁。而身边的，自己的女儿则是兴致勃勃的询问着她的“妈妈”，询问那个名为小智的少年是否是宝可梦训练家。

于是话题便回到了这个世界所有人都喜爱的方向上。

“要我去赶走他们吗？”

“不，我想要做一场宝可梦战斗！但我做得到吗？”小美最开始是兴奋的，但很快又陷入自我怀疑当中。而炎帝克服了脑海中的吼声，向着小美点头，表示中充满了宠溺和温柔：

“可以的，如果你这么希望的话。”

“没错，我办得到对吧！”得到了自己“父亲”的鼓励，小女孩也立刻高兴了起来！“虽然我的年纪还很小，不过只要我长大的话，就办得到了。”

下一刻，炎帝穿越了水晶楼层，直接进入了一片淡绿色的穿梭空间，而小美的本体明明依靠着她的“妈妈”，可炎帝的身上却又出现了一个新的“小美”！在炎帝的鼓励中，这个年幼的小美迅速长大，出落成了一个英姿飒爽的成年女人。

而后，他们飞向一片梦中的绿色原野。